台割作成画面で仮置きしているメッセージも、「全体自動配置」の対象になりますか？

いいえ、仮置きスペースに入っているメッセージは、自動配置の対象になりません。

自動配置の対象から外しておきたいメッセージは、あらかじめ仮置きスペースへ移動してください。